• Türkçe
    • English
  • Türkçe 
    • Türkçe
    • English
  • Giriş
Öğe Göster 
  •   RTEÜ
  • Araştırma Çıktıları | TR-Dizin | WoS | Scopus | PubMed
  • Scopus İndeksli Yayınlar Koleksiyonu
  • Öğe Göster
  •   RTEÜ
  • Araştırma Çıktıları | TR-Dizin | WoS | Scopus | PubMed
  • Scopus İndeksli Yayınlar Koleksiyonu
  • Öğe Göster
JavaScript is disabled for your browser. Some features of this site may not work without it.

Comprehensive analysis of the codon usage patterns in the polyprotein coding sequences of the honeybee viruses

Göster/Aç

Full Text / Tam Metin (2.514Mb)

Erişim

info:eu-repo/semantics/openAccess

Tarih

2025

Yazar

Aktürk Dizman, Yeşim

Üst veri

Tüm öğe kaydını göster

Künye

Aktürk Dizman, Y. (2025). Comprehensive analysis of the codon usage patterns in the polyprotein coding sequences of the honeybee viruses. Frontiers in Veterinary Science, 12, 1567209. https://doi.org/10.3389/fvets.2025.1567209

Özet

Honeybee viruses (HVs) are some of the most significant pathogens affecting these insects and are commonly found in beehives across the globe. This viral infection leads to substantial economic losses in the beekeeping industry. To understand the evolution and adaptation of HVs, such as Acute Bee Paralysis Virus (ABPV), Kashmir Bee Virus (KBV), Chronic Bee Paralysis Virus (CBPV), and Sacbrood Virus (SBV), a detailed analysis of codon usage bias (CUB) was conducted, as no prior studies on this topic had been reported. Analysis of nucleotide content and RSCU revealed that the polyprotein coding sequences of the four HVs were rich in A/U nucleotides, with the third base of synonymous codons predominantly A/U. The polyprotein coding sequences showed a higher effective number of codons (ENC) value, suggesting lower CUB. The ENC plot, PR2 plot, and neutrality analyses indicated that natural selection predominantly shapes the codon usage pattern of polyprotein coding sequences, with minimal influence from mutation pressure. Analyses of the codon adaptation index (CAI) and relative codon deoptimization index (RCDI) showed a strong relationship between HVs and their hosts. These findings could offer essential insights into the overall codon usage patterns of HVs and help in understanding the mechanisms that influence codon usage and genetic evolution in HVs.

Kaynak

Frontiers in Veterinary Science

Cilt

12

Bağlantı

https://doi.org/10.3389/fvets.2025.1567209
https://hdl.handle.net/11436/10743

Koleksiyonlar

  • FEF, Biyoloji Bölümü Koleksiyonu [596]
  • Scopus İndeksli Yayınlar Koleksiyonu [6110]



DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
İletişim | Geri Bildirim
Theme by 
@mire NV
 

 




| Yönerge | Rehber | İletişim |

DSpace@RTEÜ

by OpenAIRE
Gelişmiş Arama

sherpa/romeo

Göz at

Tüm DSpaceBölümler & KoleksiyonlarTarihe GöreYazara GöreBaşlığa GöreKonuya GöreTüre GöreDile GöreBölüme GöreKategoriye GöreYayıncıya GöreErişim ŞekliKurum Yazarına GöreBu KoleksiyonTarihe GöreYazara GöreBaşlığa GöreKonuya GöreTüre GöreDile GöreBölüme GöreKategoriye GöreYayıncıya GöreErişim ŞekliKurum Yazarına Göre

Hesabım

GirişKayıt

İstatistikler

Google Analitik İstatistiklerini Görüntüle

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
İletişim | Geri Bildirim
Theme by 
@mire NV
 

 


|| Rehber|| Yönerge || Kütüphane || Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi || OAI-PMH ||

Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi, Rize, Türkiye
İçerikte herhangi bir hata görürseniz, lütfen bildiriniz:

Creative Commons License
Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi Institutional Repository is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivs 4.0 Unported License..

DSpace@RTEÜ:


DSpace 6.2

tarafından İdeal DSpace hizmetleri çerçevesinde özelleştirilerek kurulmuştur.