• Türkçe
    • English
  • Türkçe 
    • Türkçe
    • English
  • Giriş
Öğe Göster 
  •   RTEÜ
  • Araştırma Çıktıları | TR-Dizin | WoS | Scopus | PubMed
  • WoS İndeksli Yayınlar Koleksiyonu
  • Öğe Göster
  •   RTEÜ
  • Araştırma Çıktıları | TR-Dizin | WoS | Scopus | PubMed
  • WoS İndeksli Yayınlar Koleksiyonu
  • Öğe Göster
JavaScript is disabled for your browser. Some features of this site may not work without it.

Principal microbial groups: compositional alternative to phylogenetic grouping of microbiome data

Thumbnail

Göster/Aç

Full Text / Tam Metin (2.201Mb)

Erişim

info:eu-repo/semantics/closedAccess

Tarih

2022

Yazar

Boyraz, Aslı
Pawlowsky-Glahn, Vera
Jose Egozcue, Juan
Acar, Aybar Can

Üst veri

Tüm öğe kaydını göster

Künye

Boyraz, A., Pawlowsky-Glahn, V., Egozcue, J. J., & Acar, A. C. (2022). Principal microbial groups: compositional alternative to phylogenetic grouping of microbiome data. Briefings in bioinformatics, 23(5), bbac328. https://doi.org/10.1093/bib/bbac328

Özet

Statistical and machine learning techniques based on relative abundances have been used to predict health conditions and to identify microbial biomarkers. However, high dimensionality, sparsity and the compositional nature of microbiome data represent statistical challenges. On the other hand, the taxon grouping allows summarizing microbiome abundance with a coarser resolution in a lower dimension, but it presents new challenges when correlating taxa with a disease. In this work, we present a novel approach that groups Operational Taxonomical Units (OTUs) based only on relative abundances as an alternative to taxon grouping. The proposed procedure acknowledges the compositional data making use of principal balances. The identified groups are called Principal Microbial Groups (PMGs). The procedure reduces the need for user-defined aggregation of (OTUs) and offers the possibility of working with coarse group of OTUs, which are not present in a phylogenetic tree. PMGs can be used for two different goals: (1) as a dimensionality reduction method for compositional data, (2) as an aggregation procedure that provides an alternative to taxon grouping for construction of microbial balances afterward used for disease prediction. We illustrate the procedure with a cirrhosis study data. PMGs provide a coherent data analysis for the search of biomarkers in human microbiota. The source code and demo data for PMGs are available at: https://github.com/asliboyraz/PMGs.

Kaynak

Briefings in Bioinformatics

Cilt

23

Sayı

5

Bağlantı

https://doi.org/10.1093/bib/bbac328
https://hdl.handle.net/11436/7143

Koleksiyonlar

  • Ardeşen Meslek Yüksekokulu Koleksiyonu [58]
  • PubMed İndeksli Yayınlar Koleksiyonu [2443]
  • WoS İndeksli Yayınlar Koleksiyonu [5260]



DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
İletişim | Geri Bildirim
Theme by 
@mire NV
 

 




| Yönerge | Rehber | İletişim |

DSpace@RTEÜ

by OpenAIRE
Gelişmiş Arama

sherpa/romeo

Göz at

Tüm DSpaceBölümler & KoleksiyonlarTarihe GöreYazara GöreBaşlığa GöreKonuya GöreTüre GöreDile GöreBölüme GöreKategoriye GöreYayıncıya GöreErişim ŞekliKurum Yazarına GöreBu KoleksiyonTarihe GöreYazara GöreBaşlığa GöreKonuya GöreTüre GöreDile GöreBölüme GöreKategoriye GöreYayıncıya GöreErişim ŞekliKurum Yazarına Göre

Hesabım

GirişKayıt

İstatistikler

Google Analitik İstatistiklerini Görüntüle

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
İletişim | Geri Bildirim
Theme by 
@mire NV
 

 


|| Rehber|| Yönerge || Kütüphane || Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi || OAI-PMH ||

Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi, Rize, Türkiye
İçerikte herhangi bir hata görürseniz, lütfen bildiriniz:

Creative Commons License
Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi Institutional Repository is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivs 4.0 Unported License..

DSpace@RTEÜ:


DSpace 6.2

tarafından İdeal DSpace hizmetleri çerçevesinde özelleştirilerek kurulmuştur.